Στην πορεία των δεκαετιών, η οργάνωση κλήθηκε να αντιμετωπίσει σημαντικές προκλήσεις. Σε αρκετές περιπτώσεις, δέχθηκε πιέσεις ή ακόμα και προτάσεις οικονομικών ανταλλαγμάτων, προκειμένου να εγκαταλείψει συγκεκριμένους αγώνες προστασίας.
Ωστόσο, το διοικητικό της συμβούλιο διατήρησε σταθερά τις αρχές του, απορρίπτοντας κάθε μορφή συμβιβασμού που θα υπονόμευε την αποστολή της.
Η συνέπεια αυτή ενίσχυσε την αξιοπιστία της Ελληνικής Εταιρείας και την καθιέρωσε ως έναν από τους σημαντικότερους φορείς της κοινωνίας των πολιτών στον τομέα της προστασίας του περιβάλλοντος και της πολιτιστικής κληρονομιάς. Μέσα από τις δράσεις της, επιδιώκει να στηρίζει την κοινωνία των πολιτών, ώστε να μπορεί να υπερασπίζεται αποτελεσματικά τον τόπο της.